牙周基础治疗的目的在于消除致病因素，控制炎症，也有人称此阶段为病因治疗。包括自我控制菌斑、正确地刷牙、龈上洁治术（洗牙）、龈下刮治术、根面平整术、咬合调整消除咬合性创伤、松动牙齿的牙周夹板固定以及拔除无保留价值的患牙等。治疗时我们主要采取两种方式：
一是超声器械法，主要是通过超声头的振动去处刺激物，
二是手工器械法，通过专门的器械将刺激物去除。有些患者认为牙周治疗周期长，就诊次数多，时间紧而不愿意多次就诊，寄希望于单纯的药物治疗，这种观念是错误的。对于牙周炎而言，药物只能起辅助的作用，而去除菌斑和牙石才非常重要。
